治疗包括病因治疗和对症处理两方面。已明确病因者，应尽早采取措施，去除病因。如抗感染、清除进入体内的毒物、颅内占位病变的去除、补充缺乏的维生素和营养物质等。病因已不存在或无法去除者，则宜采取有效措施，维持正常生理功能，消除精神障碍。急性器质性精神障碍的病人，常有精神运动性兴奋，可口服药物镇静，也可加用肌肉注射。由于镇静作用较强，可引起体位性低血压，所以对年老、血压偏低或有呼吸功能衰竭的病人应慎用。
主要疗法有脑异电全息治疗、物理治疗、迷走神经刺激术、心理认知功能训练、生酮饮食治疗、西药治疗、中药治疗和手术治疗等。多吃富有营养、易于消化的食物，如面食、豆类、瘦肉、鸡蛋、鱼、牛奶等，尤其应多食用豆类、新鲜蔬菜、水果、乳制品。
精神障碍的治疗儿童和成人差不多，大致分为药物治疗和非药物治疗。药物治疗往往和成人所用药物基本相同，需要心理治疗和行为矫正，同时结合家庭治疗、学校干预、接受特殊教育训练。对于心理障碍严重的孩子，及早药物治疗也很关键。
可以口服调节神经的药物来治疗，器质性精神障碍，首先要积极治疗导致精神症状的器质性病因，在进行相应的病因疗法后，症状就可得到缓解。也要对症治疗症状。因为精神症状的存在，会影响躯体疾病的治疗。
对兴奋躁动并确诊为非颅内出血所致者，在密切观察瞳孔与意识状态情况下，予以小剂量抗精神病药或抗焦虑药。脑外伤后综合征与神经症采用相应神经症的治疗，恐惧与抑郁可选用三环类抗抑郁药治疗，脑外伤后精神病可选用抗精神病药治疗。
脑器质性精神障碍，这是一种因为脑部受到外伤或者是脑部感染等血管疾病引起的发病。在治疗这个病的时候可以用药物调理治疗，综合性的药物一起治疗效果见效比较好。确诊之后及时治疗，防止会出现后遗症的麻烦。
