脑干梗塞早期很难根治，如果超早期达到溶栓的适应症，可以进行溶栓，如果效果好，可以溶解血管中的血栓，让血管重新开放，不会留下较大的后遗症。
但对于梗死面积大，血管动脉硬化严重，不稳定斑块破裂的病人，即使提前进行溶栓，一般也会留下一些后遗症，比如吞咽困难，肢体活动不良，麻木，偏瘫，语言迟钝，饮水呛咳等等。
一般情况下，脑干腔隙性梗塞严重，具体分析如下：
腔隙性脑梗塞是一种在15mm以下的梗塞，脑干的梗塞范围很窄，临床上并没有特殊征兆，但脑干腔隙性梗塞却是很严重的，因为脑干是呼吸的中心，很多神经核都集中在脑干区，一旦发生梗死，就会影响到大脑的神经，从而出现咳嗽、吞咽困难、眼外肌瘫痪、共济紊乱、平衡紊乱、交叉和四肢运动障碍等。
脑干梗塞比较严重,比其他部位梗塞的危险更大。脑干是人体的生命中枢,有呼吸、心跳中枢。一旦脑干梗塞的发生面积比较大,容易导致患者出现脑干水肿,进而形成脑疝,导致患者的延髓被压迫,容易形成呼吸、心跳骤停,危害到患者的生命。患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
脑干延髓梗塞是脑干梗死中较为常见的一种疾病，其临床症状包括呼吸功能障碍、心血管和胃肠功能障碍、突发眩晕、恶心、眼球震颤、吞咽困难等。所以，由于位置和预后的差异，导致了延髓梗死的疗效也会很低。如果梗死发生在延髓的中枢，比如呼吸、心血管等中枢，就会危及患者的性命。所以对于糖尿病、高血脂、高血压患者，日常生活中要注意血糖、血脂、血压等方面的调节，以免出现梗塞的情况。
脑干腔隙性梗塞可以通过一般治疗、使用药物等方法进行治疗。
1.一般治疗：如果处于恢复期，建议注意一般治疗，即适当休息，注意调整饮食，避免食用辛辣刺激的食物，有助于缓解症状。
2.使用药物：如果处于急性发作时期，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有拜阿司匹林、阿托伐他汀钙、注射用血塞通、注射用血栓通、疏血通等。
脑干梗死后的康复时间取决于病人的康复时间。
大部分脑干梗死病人都会有很大程度的神经功能紊乱，甚至会有一些意识上的问题，例如睡眠、昏厥等。此外，大部分病人还有语言能力的问题，主要有说话困难、说话困难、喝东西时会呛到。这些病人在入院的时候，往往会有一些并发症，例如：吞咽功能减退，四肢活动障碍，或者是肺部感染等。要等病人出现了严重的言语功能和动作功能的问题，并且意识清醒，肺部感染也得到了有效的治疗。一般是2-4个星期或更长时间。
