脑干腔隙性梗塞可以通过一般治疗、使用药物等方法进行治疗。
1.一般治疗：如果处于恢复期，建议注意一般治疗，即适当休息，注意调整饮食，避免食用辛辣刺激的食物，有助于缓解症状。
2.使用药物：如果处于急性发作时期，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有拜阿司匹林、阿托伐他汀钙、注射用血塞通、注射用血栓通、疏血通等。
一般情况下，脑干腔隙性梗塞严重，具体分析如下：
腔隙性脑梗塞是一种在15mm以下的梗塞，脑干的梗塞范围很窄，临床上并没有特殊征兆，但脑干腔隙性梗塞却是很严重的，因为脑干是呼吸的中心，很多神经核都集中在脑干区，一旦发生梗死，就会影响到大脑的神经，从而出现咳嗽、吞咽困难、眼外肌瘫痪、共济紊乱、平衡紊乱、交叉和四肢运动障碍等。
一般情况下，左侧额叶腔隙性梗塞，其临床症状并不显著。可以进行药物治疗，具体分析如下：
急性期可以采用阿司匹林、阿托伐他汀调脂、稳定动脉粥样硬化斑块、中药活血化瘀法（血栓通、银杏达莫、舒血宁）、微循环增强微循环的药，必要时还可以口服奥拉西坦、小牛血清等促进大脑新陈代谢的药物。不属于急性期腔隙性脑梗塞，通常不需进行任何的处理。
一般情况下，双侧脑室旁腔隙性梗塞需要进行药物长期使用，具体分析如下：
随着年纪增大，脑部的血管病变就会加重，在脑部会有一定的梗塞。很多中老年人体检，都会在两侧脑室壁处看到空洞的梗塞。很多病人都不知道自己的病情，也没有什么明显的临床症状，所以要做好心理准备，要确定自己的风险因子，比如高血压、糖尿病、高血脂等。拜阿司匹林100mg，1日1次空腹口服。阿托伐他汀钙20mg，1日1次睡前口服，需要长时间服药，3个月后到医院做相应的化验。
双侧基底节区腔隙性梗塞如何治，需要根据具体的情况来判断，具体分析如下：
双侧腔基底节区空洞脑梗死指的是脑基底节区的一种小的梗塞（直径在15mm以内），通常没有任何临床表现，通常在检查中就会被察觉。预防脑血管疾病，对糖尿病、高血压、高血脂、高尿酸血症等原发性疾病可进行有效的监测，以保护血管内皮，避免血管再次受损，还可以服用抗血小板聚集、稳定斑块等抗血小板聚集的药物，服用他汀类稳定斑块，定期复查血常规、脑血管、凝血功能的检查。
一般来说，双基底节区腔隙梗塞可通过日常调理的方式进行治疗，具体如下：
通常情况下，双基底节区腔隙梗塞可能是动脉粥样硬化引起的，一般不会有较大影响，通常不需要进行治疗。但双基底节区腔隙梗塞的患者需注意规避风险因素。
在日常生活中，患者应当注意健康饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，少吃生冷、辛辣的食物，戒烟戒酒，多休息，定期到医院复查。