胚胎停育的原因主要有四个方面。生殖内心泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，分别是雌激素，孕激素，绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就满足不了胚胎的需要，就会造成胚胎的停育；生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育等。
胎儿停育的检查分为男性和女性。男性需要检查染色体，精子质量，精子形态，支原体衣原体，淋球菌。女性需要检查染色体，基本激素，甲状腺功能，催乳素，触觉等。由于医疗发展有限，四分之一的仍无法找到原因。
早期胚胎停育，首先考虑染色体异常，注意夫妻双方先查染色体，另外，女方可以查一下内分泌，比如甲状腺，还有激素水平，还有夫妻双方的支原体，衣原体等。胚胎停育也称为稽留流产，可能的病因有很多，如染色体异常、免疫排斥、生殖道感染、子宫畸形、环境因素等。
胎动减少，胎动是胎儿生命的最客观的征兆之一，是胎儿给母亲发出的信号。因此，孕妇经常掌握胎动情况，可以了解胎儿的安危，及时发现问题。妊娠16-20周，胎儿开始了能被母亲感知的明显的胎动。随着孕周的增加，胎动也在增加。
生殖道解剖结构异常，内分泌异常，生殖道感染，血栓性疾病因素，免疫因素，其他尚有男性因素，都是导致胎停出现的原因。现在需要检查明确导致胎停的原因，针对性调理确保下次安全孕育。
胚胎停止发育可能跟男性精子质量差有关系，常见原因有染色体异常、免疫功能不全、内分泌功能紊乱、子宫内环境异常、遗传性血栓形成倾向、全身感染性疾病等女性危险因素、精子成熟障碍等男性危险因素、环境不良等因素。
