如果很大，进行手术的一个抽液处理治疗的。但是如果不是很大，可以进一步观察，然后定期复查肾功能，尿常规泌尿系超声这些。其没有什么特殊的。肾囊肿如果很大或者是破裂，也会引起腰部疼痛不舒服的。
肝囊肿通常很少引起疼痛。疼痛不适仅在伴随细菌感染和炎症刺激时出现。它主要引起压迫性疼痛，如体积增大和血液循环不良，导致胸闷和胸痛。肝囊肿可以通过疏通或外科穿刺引流来治疗。
指尖发生腱鞘囊肿，并有明显痛苦，首先，应主动了解是否为腱鞘囊肿，多数病例腱鞘囊肿不发生于直接处。
指尖腱鞘囊肿很疼，如果发现是比较大的腱鞘囊肿就需要及时到医院进行确诊和治疗，因为这是一种较为常见的病症。还可表现为局部血管瘤，此种情况可主动手术切除，再做病理检查，依据病理检查结果，再次采取相应处理措施。
如果因肝囊肿而腹痛严重。这表明肝囊肿已经相对较大，这会压迫正常的肝组织并引起疼痛症状。同时，也可能出现腹胀，触诊可以触及肝脏表面的肿块。应及时治疗肝囊肿。目前治疗肝囊肿的手术方法是微创介入手术。
在月经期出现疼痛，称为痛经，就不一定是囊肿的原因，月经已经干净了，出现明显的疼痛有囊肿的情况下，要注意检查是不是出现了卵巢囊肿蒂扭转，出现了是需要手术的。需要及时去医院检查，医生的体检以及B超的检查判断是否卵巢囊肿蒂扭转，以决定相应的处理。
