慢性附睾炎是由炎症感染引起的。疗程相对较长，需要耐心。西药临床应用见效快，易复发，不可治疗，此外，长期服用西药也容易引起耐药性。中医精神博大。清热利湿中药主要用于治疗附睾炎。同时，针灸、按摩、理疗等方法也相当有效。
首先出现慢性的附睾炎，需要积极的进行药物治疗，可以选择一些消炎的药物来治疗，按疗程进行用药，才能够达到很好的治疗和康复的效果，同时应该保证足够的休息，不要劳累，饮食上不要吃辛辣有刺激性的食物，才能达到很好的效果。
慢性附睾炎有普通细菌感染，有结核感染，不知道是哪一种。慢性附睾炎的治疗，可应用药物抗感染治疗，也可配合清热解毒的中药，局部热敷，化脓时切开引流，加强换药，避免长时间站立或行走，是可以治好的。
慢性附睾炎通过中药治疗有一部分是可以治好的。
对于急性期附睾炎患者，一般通过口服或静脉输注，左氧氟沙星、头孢类等药物进行抗感染治疗，并且可以配合使用一些消肿止痛、清热利湿的中药治疗。
进入慢性期后，可以通过合理的辩证论治，选择对症的中药或中成药，具有活血化瘀、散结功效的，治疗往往能治愈。
必要时需要进行手术治疗。
附睾炎单纯应用药物效果不一定理想。除应用有效广谱抗生素外，局部热敷等物理治疗也是很有必要的。也可以采用附睾局部应用离子透入治疗。若有慢性前列腺炎，必须同时进行治疗。反复发作来源于慢性前列腺炎的附睾炎，可考虑结扎输精管后再进行治疗。对于多次反复发作者，也可考虑做附睾切除术。
对于年轻男性来说，由于性生活频率高，有急性睾丸炎、附睾炎的概率是比较大的，急性睾丸、附睾炎期间，如果不使用有效抗生素、疗程不足够，都有可能转变成慢性附睾炎。对于急性附睾炎。中成药中能辅助治疗，不能用于作为治疗的主要手段，依靠中药进行治疗，转变成慢性基本可以说是比例相当大的。