新生儿出现肛旁脓肿可能是与孩子肛周卫生不好或抵抗力低下等有关系，在打针的同时注意局部治疗，患处可以按时清洗，然后消毒后涂消炎药膏，有利于炎症控制。注意患处卫生，避免挤压和摩擦，按时消毒和涂药。
婴儿出现肛周脓肿并非罕见，如果早期可以经过积极抗炎等治疗得到缓解，需要手术。婴儿肛周脓肿如果尚未触及波动感，可应用药膏外敷，局部化脓后需要尽早切开拍脓，避免炎症扩散，有形成肛瘘的可能。
主要的治疗方案是手术，手术是在脓肿波动最明显处进行切开引流，将脓肿内的脓液放出，然后再换药使脓腔慢慢闭合。肛周脓肿的药物治疗，不能解除肛周脓肿的根本问题，即便缩小以后还可能多次复发。
得了后可以采用保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段；中药渗透疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌。
婴儿肛周脓肿早期发现可以采取保守治疗，例如用温热水进行肛门坐浴，或用少量的生理盐水保留灌肠。经常及时给孩子换尿布，保持肛周皮肤清洁干燥。若保守治疗无好转，应及时手术，将肛周脓肿切开引流。目前临床上多选用的是肛周脓肿挂线引流法。术后配合温水或药物坐浴，促进切口愈合，达到治疗目的。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
