孕期发现卵巢囊肿可以用消炎药来进行治疗。
如果症状不是很严重，可以先不用治疗。但如果出现腹痛的情况，可以应用消炎药，比如头孢一类，青霉素一类，这是孕期相对安全的药物，用药之后，如果症状逐渐缓解消失，那就定期观察。孕期如若出现良性囊肿合并出血、蒂扭转、破裂或怀疑为恶性，不论在妊娠的任何时期都应积极进行手术治疗，以免延误病情。
卵巢囊肿破裂会产生急性的疼痛和腹腔内出血，痛觉会慢慢扩展到整个腹部，血压会下降，晕眩，甚至昏倒。可伴有低热或轻度白细胞升高，同时伴有明显的腹膜刺激症状，即腹部肌肉紧张、压痛和反跳痛。一旦出现卵巢囊肿破裂症状后应及时到医院进行治疗。
一般情况下，如果早孕期发现右侧卵巢囊肿，需要根据孕妇的具体情况来选择治疗方案。
在早孕期发现右侧卵巢囊肿后，如果卵巢囊肿不再持续的增大，也没有其他任何的异常症状，可以每两个月去医院做子宫和卵巢的B超检查，观察胎儿生长情况以及卵巢囊肿的生长情况，如果不再持续增大，先不用进行处理，将胎儿顺利生下后再进行治疗；如果卵巢囊肿持续增大，建议终止妊娠，然后再通过药物、手术等方式进行治疗，以免给身体造成不可逆的伤害。
刚怀孕发现卵巢囊肿通常可以通过一般治疗、手术治疗等方式进行治疗。
对刚妊娠的妇女来说，查彩超见卵巢囊肿，通常此时无需进行任何处置，由于怀孕后，因体内激素作用而激发，常发生生理性妊娠黄体囊肿，生理性表现属常态，因此无需进行处理。又因为正值怀孕，也没有药可用，因此，有必要对彩超进行常规复查，观察囊肿改变，还要观察胚胎生长发育情况。另外还有一种情况就是，当孕妇患有子宫肌瘤时，可以考虑采用腹腔镜技术来对患者的肿瘤进行切除术。但是，如果妇女处于孕期，因卵巢囊肿过大，发生逆转或断裂，甚至怀孕期间，仍需手术治疗，摘除囊肿。
孕妇体内的雌激素和孕激素水平会改变，从而导致生理性的卵巢囊肿，在妊娠前没有，在妊娠后会出现，多半是生理性的卵巢囊肿。
正常情况下，只要不超过3cm，就不需要做特别的处理，因为右侧卵巢囊肿会自动消失，所以要定期做B超检查，以了解囊肿的发育；如果右侧囊肿大于5cm，那么卵巢囊肿有可能会对子宫造成挤压，从而影响到胎儿的生长。
怀孕后发现卵巢囊肿，若卵巢囊肿继续增大，体位改变或子宫挤压引起卵巢囊肿蒂扭转，腹部出现疼痛症状，需要进行手术治疗。
怀孕后发生卵巢囊肿常见于辅助生育的女性群体，因为辅助生育的患者，需要使用促排卵药物，而促排卵药会刺激卵巢，卵巢遭在受到过度得刺激后引起卵巢体积增大，从而形成卵巢囊肿。妊娠期卵巢囊肿患者出现急性腹痛，可能是由于卵巢破裂导致，应立即进行手术。
