只有少数人出现接种部位红肿、硬结、疼痛，手臂酸重或发热、恶心、呕吐、乏力、皮疹等与疫苗接种大致相仿的轻微反应，多在1～3天内不治自愈。如果患急性传染病或其他慢性疾病不能接种乙肝疫苗患有皮炎、化脓性皮肤病、严重湿疹的小儿不宜乙肝疫苗接种。
注射乙肝疫苗后的不良反应有局部的红肿及硬结短暂的炎症反应，一般2-3天自行消退。发热低中度发热一般会自行消退，高热的话及时就医。部分患儿会出现头痛、头晕、全身无力、恶心，呕吐，腹痛、腹泻等症状。
宝宝打疫苗后不良反应，少数的孩子在打完疫苗一天之内会出现体温升高、身体没有劲、心情郁闷、困意连连等现象，个别孩子也可能出现肚子痛、上吐下泻等消化系统疾病，这时孩子的体温都在38.5℃以下。要让孩子多喝水，注意休息。
乙肝疫苗是十分安全的疫苗，很少有出现不良反应，那么在不良反应当中比较常见的有发热出皮疹。这种不良反应往往是一过性，充分的休息好，大部分都会在48小时之内完全好转。有极少数的打了乙肝疫苗，可能会出现严重过敏的情况，需要进行规范的抗过敏治疗，以后也不能再接种乙肝疫苗。接种完乙肝疫苗之后，需要充分的休息，保持一个良好的睡眠。
在接种后48小时内会出现不同程度的不良反应，比如注射部位轻微发红，或者是接种部位的轻微肿胀和疼痛，可于48小时内自行缓解，也有的出现发热、食欲不振、烦躁、呕吐腹泻及异常啼哭。
常注射疫苗几天后上述反应可自然消失，不会造成不可逆的伤害。临床常见不良反应包括以下方面：
1、注射小儿麻痹灭活疫苗：注射部位会有疼痛、红斑、硬结、一过性发烧等副作用，少数人在注射后会有淋巴结肿大、兴奋、嗜睡、抽搐等症状，3日后即可消失。还有一些患者会发生诸如皮肤红肿，乃至休克等的免疫应答；
2、口服小儿麻痹减毒活疫苗：大部分患者没有任何副作用，但在极少数的人群中会出现轻度发热、恶心、呕吐、腹泻、皮疹等。有少量的患者会出现严重的副作用，如发热、急性弛缓性瘫痪等，需要及时就诊。
