肺炎衣原体感染后，一般会出现高热、白细胞增多、C反应蛋白升高等症状，但主要表现为咳嗽、咳痰或有少量粘痰。如果是胸闷、气急的患者，可以服用大环内酯药物，病情比较重，特别是肺脏比较大的患者，可以通过静脉注射大环内酯类药物，红霉素、阿奇霉素有是静脉制剂。另外，成人还可以服用左氧氟沙星、莫西沙星等喹诺酮类的药物，如果病情严重的，可以通过静脉给药。在进行抗菌药物的同时，还要配合使用解痉平喘、止咳化痰等药物，多喝水，多休息，不要吃辛辣的食品和其他的化学成分。
衣原体感染可以通过外用药物治疗，如克拉霉素。
大环内酯类抗生素是治疗衣原体感染的常用药物，克拉霉素、阿奇霉素、强力霉素、交沙霉素等。如果口服药物治疗效果不理想，可以选择输液治疗。
妇科衣原体感染不仅需要口服药物治疗，还要注意局部清洁卫生，穿宽松的棉质软内衣。
衣原体感染一般需要做药敏实验，选用敏感的抗生素，治疗疗程2周平时注意卫生和清洁，多喝水，还有衣原体感染是可以通过性接触传播，所以未治疗之前禁止性生活，防止交叉感染，治疗结束要复查的结果3次以上转阴才视为好转，同时性伴侣也要检查有问题及时治疗。
肺炎衣原体感染引起的肺感染，与支原体卡他莫拉菌、嗜血杆菌、军团菌感染的处理方式一致。
红霉素、罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素等是临床上常用的大环内酯类药物，根据肺炎衣原体感染的轻重，可以通过口服和静脉给药。
肺炎衣原体感染一般不会出现严重的全身炎症反应，主要表现为高热、白细胞增多、C反应蛋白升高。
等支原体的报告出来后再用药，因为在支原体的报告中会有药敏试验的结果。这两种是可以用同样的药治疗，选择敏感度高的药物，经输液和口服药是能治好的，平时要多注意卫生在治疗期内一定要禁房事。会经性接触传染。
衣原体感染患者可以用中药妇炎丸，也可以用一些阿奇霉素类的药物治疗。感染期间不要同房，及时勤换洗内裤，衣物放在太阳底下晒，家庭中做好必要的隔离，浴巾、脸盆、浴缸、便器等分开使用。
