乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
乙脑灭活疫苗副作用有局部出现红肿、疼痛，1-2天内消退。少数有发热，一般均在38℃以下。少数有头晕、头痛、不适等自觉症状。偶有皮疹，血管性水肿和过敏性休克发生率随接种次数增多而增加。
一般情况下，儿童需要打EV71型灭活疫苗。
EV71病毒是引起手足口病的主要病原，病原引起的手足口病常出现神经系统、心血管系统以及呼吸系统的重症表现，危及生命，给儿童的生命健康带来严重威胁。EV71型灭活疫苗是针对手足口病研制的预防疫苗，能有效预防EV71病毒引起的手足口病，该病毒传染性极强，临床上以儿童感染为主，所以建议五岁以下儿童能够按期接种。
乙脑灭活疫苗和减毒疫苗的主要区别在于，乙脑灭活疫苗是死病毒制成的疫苗，不良反应发较少，需要进行多次注射后，才能在宝宝体内形成抗体。多次接种又增加了宝宝的痛苦以及不良反应的发生率。而乙脑减毒疫苗属于活疫苗，存在一定的接种排斥，不良反应相对较明显，但是接种效果好，接种次数少，对宝宝的伤害减少，容易被家长接受。因此，乙脑减毒疫苗要比减毒疫苗好一些。
手足口病主要是由柯萨奇病毒A组16型、肠道病毒71型引起的儿童急性传染性疾病。ev71病毒常可导致手足口病爆发性流行。临床常表现为发热，手、足部出疹，口腔粘膜疱疹或溃疡。大部分患者发病后5～7天自行缓解，少部分患儿发展为重症，常可导致死亡。目前对此病缺乏明确有效的抗病毒药物治疗，控制手足口病爆发流行、降低病死率最有效的措施是注射ev71灭活疫苗。因此ev71灭活疫苗是有必要注射的。
第1个是发热，乙脑疫苗接种后发热的概率还是蛮高的，大概在10%左右，一般多是中低热，持续2-3天；第2个是过敏，可以引起皮疹、瘙痒等第。3个是引起胃肠道症状，可以引起纳差、腹痛、腹胀、呕吐、腹泻；第4个可以引起类感冒样症状，包括鼻塞、流鼻涕、咽痛等症状。除此之外，乙脑疫苗还有一些罕见的不良反应，包括白细胞的减少、淋巴结的肿大、过敏性紫癜等。
