胃间质瘤同时具备良性特质与恶性特质，无法简单判断其良恶性。根据肿瘤的大小，将胃间质瘤区分为，低度恶性，中度恶性和高度恶性。直径为几毫米的胃间质瘤，判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查。肿瘤直径达到2cm-3cm或以上为中度恶性，此时需通过手术进行治疗，以防危害生命。
术后一旦恢复正常就可以出院，定期进行复查，避免复发。饮食方面禁食油腻辛辣刺激食物，禁烟禁酒，增加营养的摄入，在医生的指导下规范服药，如果有不舒服的情况及时就医。
胃间质瘤良恶性鉴别根据低度恶性，如直径为几毫米的胃间质瘤，通常判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查；还有中度恶性：若肿瘤直径达到2-3cm，则判断为中度恶性，此时需通过手术进行治疗。其次是高度恶性：若肿瘤达到5cm以上，则为高度恶性，需及时进行手术治疗，以防危及生命。
可以，胃间质瘤在国际范围内有明确的治疗指南，有行业的共识，是否需要手术是有明确的指征的，往往是依据病变的大小来判断。当肿瘤直径大于两公分以上，认为有手术指征，但是针对两公分以下的是否需要手术有一定的争议。
胃间质瘤0.8cm可以手术切除，胃间质瘤的手术切除要采取个体化的手术方案，只要适应证选择适当，腹腔镜胃间质瘤切除术与剖腹手术同样有效，而且是一种微创的手术方法。治疗期间要少吃辛辣刺激性食物。
肿瘤长在胃体或胃窦，仅行胃体或胃窦楔形切除即可，肿瘤位于幽门和贲门，如果瘤体较大，需进行胃部分切除，或大部分切除，甚至全胃手术。所以胃间质瘤手术方式需综合考虑肿瘤部位、肿瘤大小以及肿瘤恶性程度，选择手术方式给予治疗。
