是由于肝内胆管胚胎发育障碍所致，也有一部分是脏器退行性病变所导致的。如果囊肿小于5cm，位于肝脏深部，没有明显的症状，没有出血等问题可以不治疗，定期超声观察就行。如果囊肿大于5cm，位于肝脏表面，有胀痛感等症状，可以考虑超声引导下介入穿刺，抽液。
如果没有明显症状，肝囊肿5cm一般不需要治疗，如果有明显症状，一般需要进行治疗。
肝囊肿5cm不出现明显的临床表现，一般不需要进行手术，只需进行常规的复查。但是如果肝囊肿直径5cm，出现了相关的挤压，或是囊肿内部出血、感染、胆瘘等，可以通过穿刺、外科手术等多种方法来进行，如有出血、感染等严重的情况，就必须进行外科手术治疗。
肝囊肿超过5cm或10cm以上，有压迫症状，就需要手术。
肝囊肿是肝脏的一种良性病变，大多数情况下，不用采取手段进行治疗，定期复查肝脏彩超及肝功能即可。但是如果出现肝囊肿超过5cm或10cm以上，且伴有压迫周围器官，出现胃胀、恶心等症状，则可以在医生的指导下选择手术的方式进行治疗。
日常生活中患者应适当参加运动，比如慢跑、游泳等，还要多吃新鲜的蔬菜和水果，多休息，不要劳累，保持心态平和，有利于身体健康。
一般比较早期的囊肿在其比较小的时候，可以通过局部制动、按摩的方法消除。当囊肿逐渐长大后可以先尝试用力按压挤破囊肿，可也以暂时消除，但是一般容易复发。如果囊肿生长部位不影响患者生活，也可以不做处理。
患上肝囊肿多吃可提高免疫力的食物。如山药、乌龟、香菇、猕猴桃、无花果、苹果、沙丁鱼、蜂蜜、牛奶、猪肝等。肝囊肿应多抗癌，抗肿瘤，增强免疫力的食物，补充足量的蛋白质。其中硒，铁含量丰富的菠菜，海类食品，鸡蛋等可以适当多食，具有较好的抗癌防癌功效。每天应保证摄入足够的蛋白质，豆制品、牛奶、瘦肉中蛋白质含量丰富。山药、香菇、蜂蜜、猪肝，新鲜水果中的猕猴桃、苹果。
