临床表现是痛经，是子宫内膜异位最明显的症状，也是最容易被忽略的先兆，呈进行性的加重。另外一个症状是性交痛，这也是一个非常明显的信号，可能还会伴有点状的出血，卵巢的巧克力囊肿症状并不是十分的明显。
卵巢巧克力囊肿早期症状表现有性变疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状流血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有采取避孕措施也不会怀孕。
肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，可以不做治疗或用中药调理。也没有什么特效药。有必要时可以考虑手术切除，巧克力囊肿主要是和内分泌变化有关，随着内分泌周期性变化，而出现改变，这方面的治疗可以通过口服药剂控制，一般口服药物不能完全恢复。
巧克力囊肿是属于子宫内膜异位到卵巢引起的临床表现，子宫内膜异位症是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病。临床常见症状为痛经，月经异常，不孕，性交疼痛等。术后药物治疗是规范月经周期，卵巢早衰与治疗无必然关联性。
病史重点询问月经史、孕产史、家族史及手术史。特别注意疼痛或痛经的发生发展与月经和剖宫产、人流术、输卵管通液术等手术的关系。腹腔镜检查主要是在腹腔镜的辅助下对盆腔进行窥视，能够精确的找到子宫内膜异位的位置以及病因，并且对其进行精确的诊断。
