肾的位置疼大部分是因为有肾脏疾病，比如肾脏结石、肾囊肿、肾脓肿、肾盂肾炎、肾小球肾炎等疾病，都有可能出现疼痛。可以做肾脏彩超，小便常规等方面的检测进一步明确。
有可能是心脏的问题，常见的有可能是冠心病、心肌梗死或者心绞痛而引起的，通常这种除了胸口疼之外，还会伴随着有胸闷、心悸等感觉。另外也有可能是胃部的疾病，例如是胃炎、十二指肠溃疡或者胃溃疡都会引起这个地方的疼痛，会伴随有腹胀、嗳气或者出现胃肠道的疼痛。
肛肠指检是不疼的，因为做指检的时候要在手指和肛门部位都有涂抹润滑油，常用的是石蜡油，然后再将手指伸入到直肠内进行检查。但是如果患者有肛裂，在进行肛门指检的时候会有疼痛。
结石部位不同，表现出来的疼痛症状也不相同。肾结石疼痛主要在腰部，可能伴腹部疼痛或恶心、呕吐等伴随症状。输尿管结石疼痛表现为剧烈的腹痛，如输尿管上段的结石，可能伴上腹疼痛。输尿管下段的结石伴下腹疼痛。
做试管婴儿移植胚胎时不疼。移植胚胎的过程是放置窥器，暴露宫颈后，盐水擦拭宫颈，清理干净宫颈黏液，用一根很细的导管把胚胎送入宫腔，子宫内膜最适合着床的地方，整个过程如果置管顺利，大概需要一分钟左右，没有什么痛苦。
