卵巢巧克力囊肿的危害有：引起月经不调、腹痛、性生活痛等不适症状；造成盆腔器官的粘连；导致弥漫性腹膜炎；引起输卵管阻塞，导致不孕。反胃、呕吐、发烧和腹部剧痛。需要去正规医院专科治疗的。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是指子宫内含有陈旧性血液和巧克力差不多，主要是因为子宫内膜脱落，形成月经，月经周期反复脱落，可有局部的出血现象在卵巢里形成了积血，最后导致了巧克力囊肿的产生。初期的巧克力囊肿可采用药物治疗，并密切的随访复查，注意卵巢囊肿的变化。严重的卵巢囊肿者要给予手术治疗。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
一般所说的生理囊肿多指，黄体囊肿，或者黄素囊肿，或者滤泡囊肿，多为女性一个月的生理变化过程，由生理变化所引起的，例如黄体囊肿，则是在排卵后，黄体峰值期，因黄体素持续分泌，从而形成潴留囊肿，但随着月经的来潮，下次月经的开始，黄体峰值期的衰退而消失或者缩小。
子宫内膜异位症ca125可以通过手术治疗。是一种恶性肿瘤的，要及时到医院做手术治疗，如果没有发生转移配合化疗治疗效果会好些。具体情况要到大的医院去检查。最近一段时间内不要紧张，要保持良好的心态，才能有利于病的恢复。
巧克力囊肿变小的方法非常多，可通过药物治疗、物理治疗以及手术治疗等形式来进行治疗，巧克力囊肿并不是一种疑难杂症，但是一定要采用合理的方法治疗，这种疾病会对女性的生育能力产生一定的影响，所以采用合适的方法治疗，才能够避免对女性的生殖健康产生影响。
