肛瘘需要到医院肛肠科进行系统的检查，必要时进行手术治疗。出现流脓的症状要及时治疗，避免症状加重甚至出现大便失禁的风险。注意饮食和生活习惯，忌辛辣，多吃水果蔬菜，保持大便通畅，不熬夜。
早期痔疮不严重可以服用药物或者局部使用专业药物治疗。严重时需要手术治疗。肛瘘可以西医手术治疗：肛瘘不能自己好，必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐恢复。
少吃辛辣食物、少饮酒，避免长期肠道刺激致长期腹泻;避免久站、久坐，坐位超过1小时后可适当活动一下，或做几次提肛运动;避免长时间如厕，排便时不看报纸杂志、手机等，尽量将排便时间控制在5分钟之内。
手术治疗，原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合，根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。
肛瘘如果是新发的，而且症状比较轻，可以选择保守治疗，使用温盐水清洗肛门，如果痔疮没有明显的临床症状，也不需要特殊治疗，如果是肛瘘的范围越来越大，瘘口越来越多，选择手术切开引流。如果痔疮出现了水肿疼痛，如果是症状没有缓解，选择手术切除。
