在扁桃体隐窝处，会有食物的残渣残留积聚，长时间的不清理，就容易导致细菌感染，细菌的繁殖。久而久之就会形成不容易溶解的钙，镁等无机盐沉积在扁桃体隐窝中，慢慢就形成结石。
扁桃体结石可以对着镜子，把手电的光源照进嗓子里，张嘴发的声音，会看到两侧的扁桃体凹凸不平，在隐窝里头可以看见白色、质硬的物质，有的时候会有异味，引起口臭，所以严重的要处理掉。进食后要及时漱口，避免食物残渣存留于扁桃体表面，再次引起结石形成。
可以保守治疗，取出扁桃体结石，对于顽固的扁桃体结石保守治疗效果不好，可以考虑扁桃体切除术，能够消除咽部的不适感觉以及口臭。扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，长期处于阻塞分泌物引流不畅。
如果是小结石可用刮匙或镊子取出，个别的可用负压吸引取出。如果是大结石在表面麻醉下切开粘膜取出，但需要防止坠入呼吸道，或者用敷贴将药物直接贴于下颌部与扁桃体相对应处，以达到清热解毒、消肿散结的目的。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
扁桃体结石的形成是由于扁桃体长期慢性炎症刺激，纤维组织粘连，隐窝口炎症或脱落上皮、菌落阻塞，形成潴留囊肿，扁桃体分泌物中钙盐沉积和组织钙化形成结石。扁桃体结石是一种罕见的营养不良性钙盐沉积。