肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘发病初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
肛瘘手术后的症状容易出现局部红肿，热痛等，可能是局部有感染引起的，可以及时外科进行检查，结合医生合理治疗，平时注意饮食清淡易消化，多吃蔬菜水果。需要保持大便通畅。
典型症状：反复自外口流出少量脓液，污染内裤；有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
肛门周围疼痛和肿胀，以及排便疼痛。肛瘘手术创面较大，伤口较深，该局部血管丰富，因而血管损伤较多，经常可发生术后出血。平时要注意个人局部卫生干净，勤洗勤换，注意做好后期护理。
