肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘手术后的症状容易出现局部红肿，热痛等，可能是局部有感染引起的，可以及时外科进行检查，结合医生合理治疗，平时注意饮食清淡易消化，多吃蔬菜水果。需要保持大便通畅。
肛门周围疼痛和肿胀，以及排便疼痛。肛瘘手术创面较大，伤口较深，该局部血管丰富，因而血管损伤较多，经常可发生术后出血。平时要注意个人局部卫生干净，勤洗勤换，注意做好后期护理。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
肛瘘症状有局部红肿、疼痛、流脓、骚痒或湿疹，严重的还会出现发热的症状。发现症状要及时去医院检查，如果病情严重，需要手术治疗。多吃清淡富含营养的食物，不要吃油腻的食物。