进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
宝宝大便常规检查，可以检查出来是否有肠炎、真菌感染、肠道寄生虫以及消化不良等疾病。做大便常规检查，主要是看大便的性状、白细胞、红细胞、细菌分类：有没有霉菌、真菌、有没有虫卵、有没有便潜血以及轮状病毒等。
大便常规检查能查出肠癌，肠癌初期以便血为主，其次是大便习惯改变，排便不尽感，里急后重等，此外还极易引起梗阻现象，产生肠道刺激症状等。肠癌有很多突出的临床表现，患者还需多加小心。
口臭的原因和平时的生活习惯，还有经常吃东西之后刷牙都有一定的关系。口腔异味多是因为有龋齿，牙周状况不好，胃肠道有问题，注意平时要养成良好的口腔清洁习惯，注意饮食健康，清热解毒。勤刷牙漱口。部分人群如果有扁桃腺结石也会引起口臭。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
