甲状腺囊肿最有效的治疗方法是手术切除。如果选用穿刺可以将囊肿中的液体抽出，短期效果很明显，病人也没有什么痛苦，但是囊壁仍然保留，之后还有形成囊肿的可能，所以手术切除是目前对于治疗甲状腺囊肿最可靠有效的方法。
甲状腺囊肿治疗主要依据甲状腺囊肿的肿物多少、大小来决定。较小甲状腺囊肿无需治疗，较大甲状腺囊肿或者短期内迅速增大的甲状腺囊肿。由于甲状腺囊肿多数是良性，手术切除之后，一般无需再进行其它方面的治疗。但是如果甲状腺囊肿较多，甲状腺组织也进行了部分切除，可能造成一部分病人甲状腺功能减低，术后还需配合进行甲状腺激素的治疗。
甲状腺功能亢进症，需要注意忌碘饮食，避免食用海带，紫菜以及海鱼，海虾等海鲜等食物。需要高蛋白，高营养的食物。如果是甲状腺功能减退，需要注意在服用甲状腺激素类药物下避免与牛奶，豆浆类食物同时服用。
甲状腺囊肿钙化有点严重的。甲状腺囊肿一般是良性疾病。不过出现了钙化，就要根据钙化的表现进行下一步分析。囊肿并钙化良性的表现是钙化灶致密，边缘清晰。如果是微小的沙粒样的钙化，可能是甲状腺乳头状癌的表现。
甲状腺囊肿是不会自行消失的。甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。肿块呈圆形，直径多在2厘米-5厘米之间，光滑，通常不疼或轻微疼痛，随着吞咽上下移动。多数是单发结节，少见于多发结节。
