巧克力囊肿是会导致不孕的。至少会造成排卵障碍。卵巢巧克力囊肿的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
要到医院进行检查囊肿的大小，性质，增长速度等进行相关的治疗。腹腔镜下卵巢囊肿剥离术不需开腹不切除卵巢可最大限度保留生殖器官完整性及生育功能。腹腔镜手术治疗，再监测卵泡。在排卵期性生活怀孕几率最大。
巧克力囊肿对于女性身体的健康影响还是非常大的，如果不够重视疾病的治疗，很容易影响到身心健康，到医院进行相关的检查，如果症状轻微，可以通过药物缓解症状，进行腹腔镜手术的方式治疗较好。
巧克力囊肿的手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病通常使用的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的一般选择。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。
巧克力囊肿，囊肿长到一定大小，会发生蒂扭转，破裂，感染，有一定得恶变率，而一旦发展为卵巢癌，治疗起来比较困难，转移率很高。所以，一定要引起重视，及时治疗。治疗手段一般会根据年龄，生育要求和包块的大小及性质来决定的。
应该到正规的医院，尽快安排手术治疗，一般巧囊会有随月经周期出现腹痛加重的表现，如果最近才出现腹部不适坠痛，术后可以进一步做病理检查以确定囊肿的性质。术后要吃一些清淡的食物。
