卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿是由炎症或巧克力囊肿引起的。卵巢囊肿是由炎症引起的，可以通过抗炎药物、中药和西药的联合治疗而完全治。治率很高。卵巢囊肿是巧克力囊肿，应通过手术治疗。然后每天热敷腹部。可以再次检查超声波，看看囊肿是否缩小。囊肿缩小，你必须考虑手术治疗。
卵巢囊肿是妇科病，需要妇科检查及超声检查看卵巢大小来决定是否手术。可以挂妇科、生殖科。如果卵巢囊肿肿块持续存在或增大，或有实质性改变，或伴有肿瘤标志物异常升高等，则卵巢肿瘤的可能性较大，应进一步检查治疗，必要时手术治疗。
如果囊肿发生蒂扭转，则有严重腹痛腹胀、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。一般大于5公分需要手术治疗，五公分一下保守治疗，炎症引起的抗炎治疗后会消失的，一般问题不大，属良性的。
卵巢囊肿一般需要手术治疗，手术后一般可能需要6到8周左右时间就可以完全恢复了，由于卵巢囊肿的产生与雌激素分泌过多有一定的关系，所以日常生活中一定要注意科学饮食，形成良好的生活作息，防止精神压力过大，而尽可能的避免内分泌紊乱的发生，从而导致复发。
