肝内胆管结石不会自愈。如果患者有手术指征及早进行手术治疗。采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。
肝内胆管结石是可以出现肝区疼痛，出现阻塞性黄疸，肝功能受损等症状，肝内胆管结石直径小，未导致胆汁阻塞，是可以保守治疗，口服医院所开的口服药物，如果结石较大，出现嵌顿，还是选择手术治疗。
如果有疼痛感，可以口服利胆消炎的药物，也可以采取中医辩证治疗的，如果反复发作，可以考虑手术治疗，可以使用腹腔镜治疗的，这样损伤性较小，具体的，建议遵当地的医嘱的。
肝内胆管结石不能自愈，需要系统进行医学治疗，多继发于胆道系统感染或者有胆道蛔虫的病史，以及外伤之后导致的胆管损伤，或者先天性发育异常，有解剖胆管变异，容易导致胆汁淤积，继发形成结石。
可以采用无创保肝取石，在ERCP内镜的基础上研制出的一种高新胆管内镜系统，在ERCP内镜基础上，采用十二指肠大乳头球囊扩张胆管出口，将ERCP纤维内镜送入胆总管内，通过胆总管直达肝内胆管，通过肝内胆管球囊扩张肝内胆管，扩开肝内胆管内径，通畅取石通道，可以一次性彻底清除肝内胆管结石，手术全程在视频可视下内镜操作，无痛、无创伤、无出血，一次彻底治愈肝内胆管结石，保住正常的肝脏组织。
肝内胆管结石9*8mm可以通过胆总管切开胆道镜取石，或是做胆总管切开胆道镜取石。肝内胆管结石，是指结石生长在肝内胆管处，主要和胆道感染、胆道寄生虫、胆汁停滞、胆管解剖变异以及营养不良等因素有关。
