各种外伤、蚊虫咬伤、丘疹或表皮外伤。性交过度。生殖器皮肤感染。前列腺炎常引起阴茎疼痛，可能因为阴茎受到感染或受刺激导致。尿道炎和淋病主要通过性行为传染产生疼痛症状。
导致阴茎痛的原因有，生殖器表皮感染，各种外伤，蚊虫咬伤，丘疹或是任何表皮外伤，性交过度，前列腺发炎也会引起阴茎的疼痛，在未割除包皮的男性身上，发生包皮内的感染即龟头炎，这也会使阴茎肿大和疼痛。
阴茎痛要针对引起阴茎疼痛的原发疾病进行治疗。如果由于阴茎感染引起疼痛，可以用抗生素进行治疗。如果因为受到刺激导致阴茎疼痛，只要充分休息就可使症状缓解。阴茎疼痛主要指阴茎表面或内部疼痛，有些男性在第一次性交后会感到阴茎疼痛，可能是阴茎在勃起后大量充血，血液回流不充分，造成性交后阴茎短时间胀痛。
可出现糜烂及溃疡，并且具有带有特殊气味的黄色脓性分泌物。严重者可发生阴茎头坏死。部分患者在急性期后出现尿道粘连和狭窄，导致排尿困难。反复感染可使阴茎或包皮的头部变厚。由于长期刺激包皮垢，阴茎头也可能发生阴茎癌。
隐匿性阴茎手术后一般不会复发，但要避免肥胖，但如果是由术后引起的症状，一般会导致局部肿胀以及疼痛等症状，很有可能是由于血肿引起的疼痛，应及时进行再次检查治疗。
