发生卵巢巧克力囊肿，可能和内分泌激素紊乱有关，也可能和性生活过频、输卵管阻塞、压力过大等因素有关，这种异位的子宫内膜，其组织结构与正常位置的子宫内膜相同，也可出现增生或分泌期的改变，并引起月经来潮，由于经血无法排出，积聚在卵巢，形成囊肿。
卵巢是生成卵子并排卵、调节内分泌激素、平衡内分泌之器官，若是内分泌受到影响很容易导致卵巢出现问题，进而引起卵巢巧克力囊肿的发生。频繁的性生活。一些女性在房事上不加以节制，频繁的性生活或者频繁的更换性伴侣会加大性生活强度，长期如此也会引来一些疾病，比如卵巢巧克力囊肿，多发生于青春期少女或更年期妇女身上。
是由于子宫内膜侵犯卵巢，种植在卵巢上，经过生长形成囊肿。这种异位的子宫内膜也受雌激素、孕激素的影响，随同月经周期反复增生、分泌、剥脱出血。由于血无法排出，久而久之，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，由于水分被吸收所以粘稠如糊状，似巧克力，所以形象地称之为巧克力囊肿。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，即有生长能力的子宫内膜组织出现在子宫腔以外部位，就是子宫内膜出现在一个不该出现的部位。长在卵巢上的异位症经常形成囊肿，因囊肿内的出血日积月累，变得象巧克力浆一样，所以称“巧克力囊肿”。
巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症造成的，有活性的子宫内膜种植在卵巢上，随着月经周期的变化而变化，但是增殖脱落的子宫内膜和血排不出来，久而久之就形成脓肿。会出现不孕，痛经为主要症状。
右侧卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变形式。子宫内膜生长在子宫腔内，受体内激素的影响，每月脱落一次形成月经。倘若月经期脱落的子宫内膜碎片经输卵管进入女性盆腔，极易形成卵巢囊肿，由于其陈旧性血呈褐色，故常常称之为“巧克力囊肿”。
