肛瘘不能自好，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时要避免肛瘘的复发。
一旦发现了，确诊是肛瘘，除外了一些手术禁忌证的情况下，还是要采用积极的手术的治疗。手术的治疗，能达到有效治疗的目的。采用比较安全的术式，对于括约肌，对于肛门的功能影响更小的术式。对于低位的肛瘘，可以采用这种切开的手术。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
可能是痔疮引起的，痔疮是人体直肠末端粘膜下和肛管皮肤下静脉丛发生扩张和屈曲所形成的柔软静脉团医学所指痔疮包括内痔、外痔、混合痔常见症状大便出血无痛性、间歇性便后有鲜红色血直肠坠痛肛门内部出现肿物脱出肛门及肛周肌肤出现瘙痒症状，应到医院进行治疗，不手术可用胶圈套扎法，使其制血、坏死、脱落，达到治疗目的。