肛瘘不能自好，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时要避免肛瘘的复发。
肛瘘手术较合适，少数高位性难治瘘，疗程更长。对创口恢复慢者，在膳食方面需合理调养，适当多食一些高蛋白饮食，同时要注意肛门局部锻炼，以改善血液循环，加速肛瘘术后早曰康复。术肛瘘的手术方法有切开、挂线、切挂等疗法，其目的都是切开瘘道、暴露创面，祛腐生肌，使新鲜的健康肉芽组织从基底部结实地生长。
肛瘘的治疗包括药物治疗和手术治疗。药物治疗只适用于肛瘘围手术期的调理；手术治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。
肛瘘是最为常见的肛肠科疾病之一，表现为反复的红肿疼痛。肛门附近有渗出，对病人的健康造成很大的影响，多见于肛周脓肿后。可以到肛肠科就诊，诊断明确以后需要及早手术，平时多吃蔬菜水果，补充维生素，多运动，粗粮保持大便的软化，不能抽烟喝酒。
出现肛瘘要及时治疗。药物治疗是很重要的方面，比如使用洗剂坐浴或者外涂药膏进行治疗。另外可以使用中药治疗，内服之后会起到较好的疗效。除此之外手术治疗也是重要的方面，比如对于肛瘘发作期合并感染的病人可以切开引流治疗。