可以应用止痛药物进行治疗，如果没有生育要求，囊肿小于3厘米可以暂时观察，但是子宫内膜异位囊肿，严重可以引起盆腔黏连肠粘连，如果有手术指征还是需要进行手术治疗，术后应用抑制复发的药物6个月。需要进行系统治疗，减少症状，减轻痛苦。
巧克力囊肿是会引起小腹疼痛的。巧克力囊肿在月经期的时候会出现下腹疼痛的，月经过后疼痛消失。并且如果是在非月经期，当囊肿发生了扭转或者是破裂，那么也会出现小腹疼痛的现象发生。巧克力囊肿的形成，主要是由于子宫内膜异位到卵巢处，并且由于里面的液体呈咖啡色的，所以又称为巧克力囊肿，这种囊肿一般是双侧的较多。
及时去正规的医院做进一步的检查，然后根据检查结果，尽快选择合理的方法手术治疗。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，病人一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
巧克力囊肿打针有一定的疼痛，要治疗卵巢囊肿还得从改善自身的体质开始。多吃碱性食品，同时补充人体必须的有机营养物质，恢复自身的免疫力。宜多吃具有抗肿瘤作用的食物鳖、龙珠茶、山楂、芝麻。忌烟酒、葱蒜椒等刺激性食物。忌肥腻、油煎、腌制食物。忌羊肉、胡椒等温热动血食物。
巧克力囊肿通常很痛。大多数卵巢巧克力囊肿发生在黄体期或月经期。疼痛常常从一侧开始。正常子宫内膜生长在子宫腔，如果这是一个病态的子宫在盆腔的其他部分将增长，导致一系列的分泌和月经的变化，因此聚合成不同大小的结节，如这些结节一旦破裂，囊肿包含旧的血液扩散到腹腔，常常导致不孕症状，及时治疗，正确的治疗在于及时手术治疗。
按摩。按摩足三里穴。用一只手的掌心按准膝盖的顶部，中指下伸的顶端，向外一横指即是三里穴。可以用针灸，也可以用拇指反复按压。按摩指压点。足部含有一些指压点，被认为与骨盆部位的气路相连。在脚踝双边的凹陷处，皆有指压点。
