早期的病人治疗上主要还是针对多囊肾的并发症进行治疗，比如病人出现囊肿出血的时候，可以使用止血药；出现感染的时候需要控制住抗感染治疗。目前有一些治疗方法，正在临床的研究过程中，比如使用药物可能在病人囊肿早期的时候，有抑制囊肿生长的作用。
囊肿增大，肾脏体积增大，并出现形态异常，如肾盂肾盏的异形，肾乳头及肾锥体的完整结构受到破坏等。囊肿呈球形，大小不一。随病程进展而渐增多，多囊肾后期症状是最终令肾均由囊肿所占，在光镜下，囊肿间尚可见到完整肾结构，多囊肾后期症状从正常表现到肾小球硬化，小管萎缩、间质纤维化等不等，改变均为囊肿压迫所致肾缺血所为。
一般情况下，胎儿单侧多囊肾的症状有很多，具体分析如下：
B超检查是胎儿单侧多囊肾的表现。第一点，左肾功能正常。B超显示，一侧肾体积正常，血流量正常，肾实质内无多个囊肿。第二，肾的另一端是一个多肾，并伴有肾回声增强。B超只能显示出多囊肾有多囊性变化，要做多囊肾的诊断，要做多囊肾的遗传学检查，这是一种染色体疾病。
肾衰竭的治疗方法可以采用三焦辨治疗法，整体调整机体免疫，改善肾脏内环境，提高肾小球滤过率，糖尿病肾病中医治疗时应清热利湿，活血化瘀，在基础治疗的同时，配合洗胰清糖素调理，合理应用解实毒、清热下火利湿法，可消除及缓解湿热之邪。
多囊肾治疗方法包括保守治疗和手术治疗，多囊肾患者处于早期，若出现相关临床症状，可做对症处理，如减少囊液分泌、降低患者血压或者采用一些中西医相结合的药物，来缓解患者的症状；手术治疗多采用囊肿去顶减压术治疗，即把肾脏囊肿单独打开，降低对周围正常肾组织的压迫，保护正常肾组织的功能。
