通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。
对于出现这种病情的病人。要根据病人的具体病情以及相关的检查结果来选择进行微创手术治疗，也可以选择进行手术治疗，如果囊肿比较小，可以选择手术治疗，可以选择腹腔镜或者是开腹卵巢巧克力囊肿剥除术，手术之后还是需要使用西药进行巩固。第三，可以选择彩超引导下的穿刺手术。
所谓巧克力囊肿是指子宫内膜异位症的其他部位发生月经时出现的囊肿。通常可以采用外科手术治疗。有些人也考虑采用激素疗法，但效果不是特别好。因此，应在早上治疗，否则很容易引起痛经或其他病理变化。
巧克力囊肿在临床上最主要的症状会出现经期下腹部疼痛，并且疼痛呈逐渐加重的趋势，表现为月经不规律、月经量的改变。临床上还会出现反复的下腹部疼痛。由于巧克力囊肿不仅可以引起卵巢局部的变化，还可能会导致盆腔组织粘连，会引起下腹部疼痛。
患有子宫腺肌症和巧克力囊肿，只能说自然受孕的可能性小。应在医生的指导下做相关的检查，如果准备怀孕了，也做b超监测卵泡发育情况，直至观察到排卵，然后在医生的指导下安排同房时间。
巧克力囊肿中医可以治好的，可以服用中药辨证施治调理的。在用药以后需要去医院做B超复查，如果恢复正常，不需要进一步治疗，如果用药效果不理想，也可以去医院做腹腔镜的微创手术治疗。