治疗主要是补充甲状腺激素，即左甲状腺素钠片，可以通过系统的治疗2-3年之后，可以考虑停药1个月，再来检测甲状腺功能，假如甲状腺功能正常，也可能是暂时性的先天性甲状腺功能减退，也可以停药可以定期监测。
甲状腺功能减退可表现为畏寒、食欲减退、体重增加、便秘等代谢减退临床症状，女性可能出现月经失调。
甲状腺功能严重减退可导致肺及心脏浆膜腔积液、胸腔积液、心包积液、腹腔积液等。成人甲状腺功能减退可分为外周性和中枢性，其中外周性甲减常见于桥本氏甲状腺炎，可补充甲状腺激素治疗。中枢性甲减常合并其余内分泌系统疾病，需进一步鉴别诊断。
先天性甲状腺功能减退症是由患儿先天性甲状腺缺陷或母亲孕期饮食中碘缺乏引起的。
主要表现为体格和智力障碍，孕期胎动可过少。出生体重较重，身高头围正常，但前后轮门大，胎粪排出迟缓，出生后腹胀、便秘、睡眠不足、运动不足，黄疸消退延迟、少食、喂养困难，四肢寒战体温低于35。患者之所以能出现脐疝、呼吸困难，主要是因为舌大而厚，呼吸道黏膜有粘液水肿，气道不通畅，鼻梁低而平，眼距宽，舌大，颜面水肿等特殊面部。治疗主要采用甲状腺激素替代治疗，由于先天性甲状腺功能减退，治疗越早预后越好，有望早期诊断。
甲状腺激素分泌减少或者体内代谢降低会导致甲状腺功能低下，要忌食生冷刺激性的食物，多吃维生素蛋白质高的食物，要做好保暖，养成每天排便的习惯，会影响其他器官的功能。
甲状腺功能低下可以使用药物性甲减治疗，常见甲减的原因是桥本甲状腺炎，碘131治疗或手术后出现的并发症，需要根据甲功结果给予药物治疗，每3-4周复查一次甲功，直至甲功恢复到正常，三个月到半年复查一次甲功。而对于继发性甲减，需要找到病因。
新生儿在分娩后48小时以上就需要行新生儿疾病筛查，主要包括甲状腺功能减退症，苯丙酮尿症等。如果检查确诊是甲状腺功能低下，需要结合药物治疗，具体用药遵医嘱。如为永久性甲状腺功能减低症予终身治疗。
