对于肾囊肿的治疗原则是持续观察，必要时需要考虑手术治疗。需要结合肾脏彩超结果及肾功能情况需要继续保守观察还是马上手术治疗，一般尽可能选择微创手术，如腹腔镜等。药物，对于囊肿是没有治疗作用的。
肾囊肿要通过药物治疗才能消除，对于小的肾脏囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。无症状者应时常进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每六个月至1年进行一次肾功能。
孕妇出现肾囊肿是不太严重的一种病症。但是建议密切观察。
肾囊肿，顾名思义，就是肾实质的一种囊性病变，通常为良性病变，若肾囊肿的体积很小，只要经常复查。若患者出现血尿、蛋白尿等肾功能损害时，就应该到医院就诊。孕妇若出现肾囊肿，无明显症状，可暂时不需要办理，甚至更大，亦可于投产后处理。建议定期进行产前检查，明确胎儿和孕妇的身体状态。
肾囊肿如果比较大，还是有一定危险性的，囊肿囊壁较薄，较大的囊肿随时都可能在外力撞击时，造成囊肿破裂等，引起出血，因此有一定的危险性，而且囊肿较大时，会影响正常肾功能，引起肾衰竭。
对于小的就不需要消除。对于大于5公分肾囊肿，通常采取手术治疗的方法来消除。手术通常采取腹腔镜下肾囊肿去顶减压手术。还可以做超声定位下肾囊肿的穿刺抽吸硬化治疗，但是这种手术方法复发率比较高。
