治疗卵巢囊肿的药物大部分都是活血化瘀的中成药，是不能月经期服用的，因为服用有可能会导致月经期延长，月经量增多出现月经不调的。月经干净后的三到五天按疗程规律用药治疗。
月经期间卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
患者可以在月经结束后采用手术的方式进行治疗，临床上手术主要有卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。另一种是输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。
子宫颈囊肿通常不会导致痛经。宫颈囊肿是由慢性宫颈炎症导致宫颈局部腺管阻塞，从而形成的囊肿。宫颈属于植物神经支配，没有痛觉。痛经主要是子宫内膜剥脱过程中大量产生前列腺素，导致子宫平滑肌收缩，从而有下腹疼痛的症状。月经期盆腔慢性炎症会充血，加重水肿状态导致痛经。来月经时子宫内膜异位症也会导致出血，造成下腹疼痛。子宫畸形发育也会导致痛经。痛经跟子宫颈囊肿并无关系。
巧克力囊肿有很多临床表现，其中痛经是主要症状，却是最容易忽略的先兆；性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。卵巢子宫内膜囊肿也是临床表现之一，囊壁较脆缺乏弹性，经血逐渐聚积，囊内压力不断增高，内容物可自囊壁的薄弱部位溃破，溢入腹腔刺激腹膜，引起腹膜炎，出现急腹症。
如果囊肿比较大需要在月经干净3到7天住院手术。如果没有超过五厘米的，可以用短效避孕药调理两个月再复查。如果囊肿比较小，可能问题不大，定期复查。如果有痛经，有可能不是单纯的卵巢囊肿，可能是巧克力囊肿，可能是子宫内膜异位症的一种，容易引起痛经的，囊肿伴有出血腹痛的也需要排除怀孕需要用早孕试纸测试。
卵巢囊肿要看其大小，是否带蒂，如果囊肿较大，可以导致周围组织压迫症状，如果发生蒂扭转，可能导致急腹症的，要及时手术处理的。如果囊肿很小，经过动态复查生长不快，可以继续观察看看的，暂时不用处理。
