甲胎蛋白和癌胚抗原是肝癌特别是原发性肝癌的特异性肿瘤指标。癌胚抗原检查标志物和许多肿瘤都是有关系的，特别是消化道肿瘤。如果指标升高明显，就和癌症有非常高的关联，所以甲胎蛋白和癌胚抗原与癌症有很大关系。
甲胎蛋白偏高癌胚抗原正常不是癌症。甲胎蛋白主要用于肝脏肿瘤的筛查，尤其是原发性肝癌的特异性肿瘤指标。发现脑部恶性肿瘤或骨恶性肿瘤有肿瘤的时候，有肝脏占位，要检查癌胚抗原检查。
癌胚抗原代表有恶性肿瘤的标志物，常见于胰腺癌、结肠癌、乳腺癌等各种恶性肿瘤，也会有良性疾病，如肝病、肺气肿、支气管哮喘、结肠炎、胰腺炎等，癌胚抗原也可以升高，因此，如果发现癌胚抗原升高，要进行胰腺、乳腺超声、胃镜和结肠镜等相关检查，如果没有发现恶性肿瘤，可以定期复查。
甲胎蛋白偏低，低于正常水平的甲胎蛋白可能有唐氏综合征的危险。但一般来说，AFP需同时结合其它检查——绒毛膜促性腺激素（hCG）及妊娠相关血浆蛋白A（PAPP-A）对筛查唐氏综合征才有意义。
癌胚抗原是一种肿瘤标志物，是肿瘤里面非常广谱的一种标志物。它的升高，可能表明肿瘤有进展或者复发。抽烟或者生活习惯不好的，没有休息好的病人，体检的时候也会发现癌胚抗原偏高。
