如果是细菌感染或寄生虫感染引起的肠胃炎，需要使用抗感染的药物进行治疗。病毒感染引起的急性肠胃炎主要是进行对症支持治疗和补液治疗，必要时进行抗病毒治疗。
患者需要及时前往医院就诊，明确病因后对症治疗，以免延误病情的诊治。治疗期间患者要养成早睡早起的习惯，不要吃辛辣、寒凉的食物，比如火锅、生鱼片等，可以适当增加营养的摄入，有利于病情的恢复。
一般来说，急性胃肠炎发热时，一般不需要使用退烧药，可以在医生的指导下口服抗菌药物、胃粘膜保护剂、糖盐溶液等药物，例如左氧氟沙星、果胶铋等。38.5℃或更高的病人需要口服一些解热止痛的药，可以口服布洛芬、补热息痛等。持续升高的情况下需要及时到正规的医疗机构进行检查，明确原因并给予相应的药物。
此外，避免辛辣、生冷、粗糙、刺激性食物，有助于改善症状。
一般情况下，急性胃肠炎可口服歧杆菌，三联活菌，奥美拉唑等药物。具体分析如下：
通常来讲，急性胃肠炎发作期间，首先需要禁食，因为此时胃肠道比较脆弱，但如果患者感觉非常饥饿，可以进食一些流质食物暂时缓解。在药物选择上，通常使用双歧杆菌，三联活菌，奥美拉唑，霍香正气水，氧氟沙星等一系列的药物。需注意的是，所有药物要在医生指导下服用。
小儿急性胃肠炎的治疗方式主要有药物以及日常护理。
儿童急性肠炎可吃思密达，必奇等，能保护胃肠粘膜，固化杀灭肠道内细菌和病毒，起止泻作用。如果腹泻严重时还需配合口服抗生素治疗。微生态制剂有妈咪爱，常乐康，金双歧，整肠生，以调整肠道菌群为主，抑制肠道有害细菌的生长，达到止泻的效果。另外还需要注意合理使用抗生素及对症处理。同样也要注意适当进清淡的饮食，让消化道得到适当的休息。
通常情况下，急性胃肠炎患者可以在医生的指导下用颠茄片、奥美拉唑、胃复安、蒙脱石散等药物进行治疗。
如果急性胃肠炎患者病情较轻，一般可以不服用药物，注意规律饮食和、生活作息，通常可以自愈。而对于存在反酸、恶心、胃痛、呕吐、腹泻、发热、腹痛等症状比较明显的患者，一般可以在医生的指导下服用奥美拉唑、颠茄片、胃复安、蒙脱石散等药物进行治疗，一般可以止泻涩肠、解痉止痛、能有效的缓解不适症状。
