可以在妊娠16周内选用，但仅出于明确原因使用，如病原体引起的明显过早流产风险或严重损害。否则，药物可以在妊娠后期和中期使用，这容易导致儿童发育不良，并且这种药物容易导致儿童发育畸形。
一般情况下，奥硝唑可以治盆腔炎。因为奥硝唑在临床上主要治疗厌氧菌感染。那么盆腔炎症绝大部分是由于厌氧菌感染所导致的，所以奥硝唑可以治盆腔炎。但奥硝唑在临床上一般会引起胃肠道反应，所以建议患者在饭后口服，并且用药期间不可以吃酸辣刺激性的食物，同时禁烟禁酒，避免性生活，以免对身体产生刺激引起盆腔充血，加重下腹部疼痛的症状。
常见副作用是恶心，呕吐，头晕等症状，也可以见到肢体抖动，麻木等不适，还有可能影响到肝肾功能，另外有些人因为个体差异，可以出现过敏反应。另外，这种药物有可能影响到胎儿，属于妊娠期不宜用的药物，药物可以通过血乳屏障，所以哺乳期也需要慎用。
奥硝唑的副作用，轻度不良反应有嗜睡、头痛、胃肠不适，个别患者可见中枢神经系统障碍，如头痛、眩晕、震颤、强直、癫痫发作、运动失调、疲劳、意识短暂消失和周围神经病，还可有味觉障碍、肝功能异常和皮肤反应。
奥硝唑是一种硝基咪唑类药物，是用于抗厌氧菌的感染，口腔内的大部分感染都是厌氧菌的感染，是可以用来治疗牙痛的；它单纯使用效果不是特别好，需要联合青霉素类或者头孢类的药物，这样会大大增加它的抗炎效果，注意的是，由牙髓炎引起的牙痛，单纯服药的效果差，发生牙痛时，去口腔科进行检查，要做相应处理。
奥硝唑对怀孕有没有影响从优生优育的角度考虑有影响的，不能要孩子用药时间恰好是在胚胎组织器官发育的关键时期，基本上是受孕满两周以后，到九周这阶段（相当于停经四周到十一周），这阶段是胚胎发育最关键的时期，也叫敏感期。如果要使用一些药物，尤其是药量比较大可能会导致畸形的发生增多。这是一个关键时期。
