女性支原体、衣原体可以通过药物进行治疗。
妇科支原体、衣原体感染一般都是用一定量的抗生素进行治疗，一般情况下可以将其分离出来，然后进行药物敏感性测试，以确定哪些抗生素比较敏感，然后进行相应的治疗。常用的抗生素有红霉素、阿奇霉素等。对于支原体、衣原体等，一般不能使用其他的广谱抗生素。
支原体是一种比较顽固的病原体，主要是通过性行为感染，容易产生耐药，如果不及时治疗或治疗不规范，会引起阴道炎、宫颈炎、盆腔炎、尿道炎等妇科炎症，建议多喝水，并在医生的指导下使用药敏试验中敏感的抗生素进行治疗。
大多数由衣原体引起的肺炎都需要使用抗生素，如阿奇霉素或红霉素。支原体、衣原体感染所引起的肺炎在临床上主要表现为痰少，干咳，而且在夜间比较明显，有些患者还会出现头痛咽痛的现象。这种疾病比较常见于青少年和儿童在成年人群中是比较常见的。这种疾病主要是通过X线影像学进行检查作出的判断。在进行治疗期间，还应该谨遵医生嘱托，不用药物，不要擅自用药，避免对身体的健康造成影响。
多数无明显症状，少数重症者会有阴道坠感，当感染扩及尿道时，尿频、尿急是主要症状。感染局限在子宫颈，表现为白带增多、混浊、子宫颈水肿、充血或表面糜烂。感染扩及尿道表现为尿道口潮红、充血，挤压尿道可有少量分泌物外溢。
支原体、衣原体等是轻度或中度的，自身的免疫功能是可以自行恢复的。支原体、衣原体感染、自身免疫力低下等情况，是很难治愈的。
对于支原体、衣原体的治疗，可以选择红霉素、阿奇霉素、罗红霉素等三种药物。近年来，对支原体的抗药性越来越强。抗药性高达75%，使用红霉素类的药物也不一定有效。如果治疗无效，可以选择环丙沙星、左氧氟沙星等喹诺酮类药物。另外，四环素、多西环素、米诺环素等都是四环素。
支原体衣原体感染的严重程度，取决于它所引起的何种结果。
第一，造成不适，如支原体，衣原体尿道感染等，会引起尿痛或者尿道刺痛。支原体衣原体感染前列腺，就是前列腺炎，会导致尿频，尿急等不舒服。支原体衣原体感染精囊或生殖系统，会造成受孕困难。
因此支原体衣原体的感染严没有严重，需要对病症进行鉴别。
