不良反应是胃肠道的反应如厌食，恶心，呕吐，胃部不适，反酸，烧心，还有牙龈增生伴出血疼痛，容易造成肾损害，高血压，有惊厥，肝功能异常，胆汁淤积，高尿酸血症，血小板减少，肢体感觉异常，高血糖过敏，白细胞减少，血尿等。
通常服用到环孢素怀孕第十二周后停药。
若是孕妇因为肾脏移植后需要服用环孢素来抑制排斥反应，在怀孕以后，需要一直服用环孢素，不应该出现停药的现象。可能是因为出现停药的情况，可能会导致肾脏出现明显的排斥反应，严重者会出现肾坏死的情况。若是孕妇在怀孕后出现胚胎停育的情况，服用环孢素进行治疗，需要到怀孕十二周后在进行停药的情况。
环孢素对免疫性流产有保胎作用。免疫性因素导致的流产，大多是因为母体对于胎儿的免疫排斥。而环孢素则可以抑制这种免疫细胞，所以环孢素可以保胎。有利于孕期滋养细胞生长，并诱导母胎界面耐受。
是可以治疗肾病综合症，各种肾炎，比如糖尿病肾病、紫癜性肾炎、急性肾炎、慢性肾炎等。可以预防同种异体肾、肝、心、骨髓等器官或组织移植所发生的排斥反应，除了可以治疗肾病之外，还可以治疗贫血、银屑病、难治性狼疮肾炎等。
最常见的不良反应是胃肠道的反应如厌食，恶心，呕吐，胃部不适，反酸，烧心，还有牙龈增生伴出血疼痛，容易造成肾损害，高血压，不常见的不良反应有惊厥，肝功能异常，胆汁淤积，高尿酸血症，血小板减少，肢体感觉异常，高血糖过敏，白细胞减少，血尿等。
