巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
巧克力囊肿会引起女性小腹疼痛，痛经，性生活疼痛，阴道内不规则出血，盆腔器官黏连。输卵管阻塞，影响受孕几率，如果长期没有得到有效治疗，会引起女性贫血。巧克力卵巢囊肿属于子宫内膜异位，而子宫内膜异位是导致不孕的重要原因之一。
卵巢囊肿和体内的激素水平，代谢异常，遗传因素等都有直接关系的，是一种妇科良性囊肿，如果没有功能性的障碍，卵巢是可以正常排卵的，如果影响正常的功能，则要采取手术治疗的。
如果是单纯性卵巢囊肿，通常用中药治疗。首先，应该进行全面的检查。根据检查结果、囊肿的大小和囊肿的位置，应进行选择方案。如果卵巢囊肿的直径小于5厘米且不是肿瘤，则大多是功能性囊肿，可以用中药治疗，密切随访，每2-3个月检查一次，然后根据情况调整检查间隔。
巧克力卵巢囊肿的危害是可能发生扭转，或是窥破，造成腹膜炎。所以巧克力卵巢囊肿一经发现就要到公立医院及时治疗，以免对身体造成危害，严重者影响生活质量，危及生命安全。
