进行穿刺的时候会有疼痛感，穿刺疼痛感主要是穿刺前的局部麻醉过程，局部麻醉的疼痛感约是静脉采血疼痛感两倍，相当于打预防针的疼痛感，这种疼痛大多数人都是能够忍受的。
细针穿刺和粗针穿刺最主要的区别是使用器械是不一样的。细针穿刺使用的是普通的注射器，针头的口径就是临床上用的注射器的针头，对组织的刺激比较小。粗针穿刺是使用的特制的针头，粗针的口径可能会比较粗，通常来讲对组织的刺激性要比较大。
穿刺活检分两种方式，一种是细针穿刺，另一种是粗针穿刺。细针穿刺当天就可以出结果，而粗针穿刺需要5天左右才能出结果。因为细针穿刺是通过穿刺针抽出病灶的少许病变细胞，辨别病变细胞的病理性质。而粗针穿刺是使用内径大一些的穿刺针，穿刺出病变组织的小条块，进行常规的病理切片检查。
乳腺发现肿块需要进行活组织病理检查，要采取肿块穿刺的方法，皮肤消毒以后，用粗的穿刺活检针直刺肿物，穿刺活检针上面有特制的倒钩装置，也可以采用细针接负压针筒，抽吸组织，然后做组织学或细胞学检查。
甲状腺结节穿刺后要注意，穿刺点局部持续加压至少六到八个小时。如果穿刺点加压时间过短，会造成出血甚至危及患者的生命。穿刺当天只可以进食流质且容易消化的食物。进食坚硬难消化食物反复吞咽，会造成甲状腺过度活动而引起穿刺点的出血。
甲状腺结节在彩超下是可以准确穿刺的，准确率不好说，因为结节大小一样，所以准确率就有差距。结节穿刺是一种有创操作，可引起出血，伤口感染的现象，由于穿刺的组织细胞信息量不大，在某些程度并不能准确的反应结节的真正状态。
