肾结石应该进行手术治疗。肾脏结石需要根据结石的位置、大小及是否造成肾脏积水等多因素决定如何治疗。最常用的治疗方法是体外冲击波碎石。肾脏结石在2厘米以下的首选治疗方法，体外冲击波碎石无任何创伤。经过体外冲击波碎石后，需要定期进行观察随访，直至结石完全击碎排出为止。如果经过体外冲击波碎石治疗后的肾脏结石，没有任何的排出和改变，则可以选择手术治疗。
前列腺结石很多是正常的前列腺腺管分泌出的结晶，一般不需要治疗，前列腺结石很多人都不会导致任何症状，与前列腺正常存在一样。如果前列腺结石是因为前列腺炎或者是前列腺阻塞导致的，可能需要治疗。可以用抗生素或治疗前列腺炎的中成药来治疗。
前列腺结石是没有任何症状的，多数在常规体检做彩色超声检查的时候发现的，可以不用治疗，定期复查就可以了。如果合并慢性炎症，对症治疗，可以用一些清热解毒的中成药，结石是没有办法通过药物消除的。如果结石比较大，或者比较多，可以考虑手术切除。
对于输尿管结石的治疗原则是小于5毫米的不需要特殊治疗，可以自己排出；大于5毫米小于2厘米的可以做体外碎石治疗。大于2厘米的需要手术治疗。患者可以根据超声显示的结石大小进行治疗。同时多喝水，应用消炎药预防感染。
如果有前列腺炎伴有结石，不需要特殊的治疗方法，主要是要针对前列腺炎的症状给予适当的消炎和对症药物进行治疗，平常要注意尽量的多吃蔬菜水果多喝水，要注意适当的活动。
