早期的病人治疗上主要还是针对多囊肾的并发症进行治疗，比如病人出现囊肿出血的时候，可以使用止血药；出现感染的时候需要控制住抗感染治疗。目前有一些治疗方法，正在临床的研究过程中，比如使用药物可能在病人囊肿早期的时候，有抑制囊肿生长的作用。
多囊肾是一种遗传性肾病，目前对该病的治疗有非手术治疗和手术治疗。非手术治疗为内科对症治疗，多囊肾患者容易出现血尿，出现肾功能衰竭的多囊肾患者易于合并高血压、贫血等，这时的治疗需要针对症状进行止血、改善肾脏循环、控制血压、纠正贫血等。
一般情况下，胎儿单侧多囊肾的症状有很多，具体分析如下：
B超检查是胎儿单侧多囊肾的表现。第一点，左肾功能正常。B超显示，一侧肾体积正常，血流量正常，肾实质内无多个囊肿。第二，肾的另一端是一个多肾，并伴有肾回声增强。B超只能显示出多囊肾有多囊性变化，要做多囊肾的诊断，要做多囊肾的遗传学检查，这是一种染色体疾病。
保守治疗，一般多囊肾处于早期，若出现相关临床症状，可做对症处理，如减少囊液分泌、降低血压或者采用一些结合的药物，来缓解患者的症状；手术治疗，多采用囊肿去顶减压术治疗，即把肾脏囊肿单独打开，降低对周围正常肾组织的压迫，保护正常肾组织的功能。
双侧肾脏对称性均匀性增大，回声增强，双侧肾脏能够看到多发性的囊肿，这是多囊肾的特征性表现，多伴有膀胱显示不清，由于肾脏失去功能同时造成羊水过少。多囊肾的诊断需要结合B超表现和基因检测。
囊肿增大，肾脏体积增大，并出现形态异常，如肾盂肾盏的异形，肾乳头及肾锥体的完整结构受到破坏等。囊肿呈球形，大小不一。随病程进展而渐增多，多囊肾后期症状是最终令肾均由囊肿所占，在光镜下，囊肿间尚可见到完整肾结构，多囊肾后期症状从正常表现到肾小球硬化，小管萎缩、间质纤维化等不等，改变均为囊肿压迫所致肾缺血所为。
