巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
卵巢巧克力囊肿早期症状表现有性变疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状流血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有采取避孕措施也不会怀孕。
可以的，巧克力囊肿（巧囊）是子宫内膜异位症的一种。目前治疗内膜异位症的药物，在服药期间病人一般月经停止来潮，痛经的症状可以得到缓解。药物也可以抑制异位子宫内膜的生长。
可以试用适用于气滞血瘀，兼痰热交结所致症瘕，临床可用于子宫肌瘤病等腹中有包块。临床中对于不愿行子宫肌瘤剔除术及子宫切除手术且单个瘤体直径小于5cm的可采治疗；对于行子宫肌瘤剔除手术后的采用巩固治疗能防止子宫肌瘤复发。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，是需要考虑手术，而不是自己的愿望，不是不想手术就可以避免的，如何治疗要听医嘱，要看个人的身体状况。
巧克力囊肿患者适当的运动可以促进病情恢复，运动的时间不要太长，过度的运动会引起小腹疼痛或者肛周疼痛等症状。游泳、散步、慢跑、快走、跳舞、瑜伽、太极等都是患者可以进行的运动，平时要做到劳逸结合。
