肾积水的治疗办法首先要明确肾积水的病因。如为憋尿过于明显引起的肾积水，建议可以通过勤排尿、多喝水、避免长期久坐，憋尿等习惯来改变。大多数不用治疗，可完全治好。而由泌尿系感染引起的肾盂积水，多建议应用抗生素治疗，建议行中段尿微生物培养、泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，治疗疗程一般为2周，为复杂性尿路感染。
如果肾积水合并严重感染，导致感染性休克，需及时抢救，感染性休克病死率高达50%。肾积水严重程度不同，对患者的寿命影响也不同，中重度肾积水，可能导致肾脏感染、肾脏积脓、肾功能减退，病情发展可导致肾功能不全，引发尿毒症等严重疾病，威胁患者生命单纯肾积水，对患者的寿命影响不大。
可以采用药物、手术等方法进行综合治疗。针对病因、梗阻严重程度及对侧肾功能等选择不同治疗方案。肾积水多因上尿路梗阻性疾病导致，如肾盂输尿管连接部狭窄、结石等。其也可由长期的下尿路梗阻性疾病导致，如前列腺增生、神经源性膀胱功能障碍等。
肾积水是十分常见的一种疾病，肾积水主要是存在有输尿管梗阻或者其他的尿路梗阻。输尿管梗阻常见的原因是输尿管狭窄或者输尿管结石，引起肾脏积水。肾积水治疗的关键是及时解除梗阻，如果是输尿管狭窄引起的肾脏积水，通常可以行输尿管切除断端吻合手术，只要将狭窄段去除，就会使肾积水缓解。
局部处理，对于梗阻部位的病变可用局部处理解决者，如粘连分离，纤维索带切断，血管移位再吻合，结石摘除等，对于局部压迫过长已造成输尿管局部发育严重受损时，应将此段输尿管切除再吻合；病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。
