通常情况下，先天性的小脑畸形可以通过手术来治疗。
小脑扁桃体下疝畸形是先天性的，只有手术才能治疗。没有明显的临床表现或只有轻度头痛的病人，通常不需要进行任何的治疗。如果出现了明显的共济失调，比如走路不稳，或者是由于压迫、粘连所致的脑干、颅内神经损伤，就需要进行外科手术。手术方式以头后窝和颈髓减压为主，多数病人在术后症状有明显好转。
先天性颈椎畸形有一定的危险。
1.先天性颈椎畸形会造成颈部脊髓神经受压，造成肢体无力、疼痛、麻痹等症状，患者会出现肢体瘫痪，对患者的生活造成一定的负面影响。
2.先天性颈椎畸形还会引起椎动脉的走行方向的变化，会影响到大脑的血液供应，引起大脑的收缩，出现头晕恶心、胸闷心慌、走路不稳等症状。
3.先天性颈椎畸形在创伤后极易出现骨折和脱位，造成颈椎脊髓的损害，严重者甚至有可能威胁到患者的性命。
先天性手足畸形的防治要以早期发现、早期诊断、早期治疗为主要手段。
在怀孕期间要加强孕妇的饮食和营养，要多吃蛋白质和微量元素，定期B超检查。孕期要注意保持好的坐姿，以免挤压造成胎儿畸形。
遗传因素、环境因素以及两者之间的相互作用是导致先天性手足畸形的主要原因。其中，遗传性缺陷占25%，环境因素占10%。
先天性多指畸形需要采取物理治疗和手术治疗。
对于先天多指畸形的儿童，在六个月之前，要注意对主指和多指相邻的手指进行适当的牵引和按摩，以确保主指的正常发育，如果超过了六个月，可以做多指切除手术，也可以做主指的整形手术。儿童在六个月后，手指的神经、血管、肌腱、结构比较清楚，可以采用多指切除，多指与主指各切除一部分，将两根手指合为一根手指。
先天性脊柱畸形14岁，需积极治疗。建议患者到正规医院进行检查和影像学检查。如果脊柱畸形不是很严重，畸形角度不大，可以通过佩戴特质支具来矫正。如果脊柱畸形比较严重，影响心肺功能，需要尽早手术矫正脊柱畸形。一般建议到正规的医院接受治疗，不仅可以提高治疗的安全性，通常治疗效果也能得到一定保证，有助于患者恢复身体健康。
单纯的先天性足部畸形一般不是遗传性的，但是家庭中有无有疾病的人很有可能会遗传。
单纯的先天性足部畸形一般不是遗传性的，与生产异常、孕期感染、畸形发育等有关。还可以通过家庭中有无其他疾病来判定，有疾病的人很有可能会遗传，还可以综合一些其它的表现来进行诊断，比如有无先天性痴呆，一般都是遗传的。患者日常生活中应使用高蛋白质、高维生素、高钙的饮食。