甲状腺炎如长期淋巴细胞性甲状腺炎出现甲状腺功能不正常，通常情况下，甲减出现概率较高，甲减的发生需甲状腺激素代替治疗，并定期监测甲状腺功能改变，调节甲状腺激素剂量。
在妊娠期间一般都不使用甲状腺素片进行辅助治疗，但是对于一些特殊类型的甲状腺肿瘤，则需要采用甲状腺素片联合亚叶酸钙或者甲状旁腺素等药物进行治疗。如产后甲状腺炎，大多数产妇甲状腺炎可随时间推移而逐步改善。
有些病人可有甲状腺功能减退，需使用甲状腺激素进行药物替代，如亚急性甲状腺炎，通常情况下，非甾体类抗炎药的使用，严重者需加激素处理。
甲状腺炎要不要治，就是要按疾病进行分型。
在临床工作中，许多慢性甲状炎并不属于亚临床甲亢，而是以典型症状出现后才诊断为亚临床甲亢或隐匿型甲亢。甲状腺炎由各种原因引起，甲状腺滤泡结构遭到损害，其发病原因不一样，组织学特征也不一样，临床表现变化很大，患者可显示正常甲状腺功能，一过性甲状腺毒症及甲状腺功能减退症。在慢性炎症或伴有自身免疫疾病者，应采用手术方式进行治疗。如果病人是亚急性甲状腺炎，那么，可用非甾体抗炎药和糖皮质激素。对于慢性甲减或有明显亚临床甲亢症状者，应采用手术方式进行治疗。
急性甲状腺炎分为两种，一种是轻度的急性甲状腺炎，另一种是重度的急性甲状腺炎。急性甲状腺炎常用的是阿司匹林等解热止痛药，而重度的急性甲状腺炎可以口服抗生素。
1.轻度的急性甲状腺炎：初期的症状很快，会出现高烧、畏寒、乏力、食欲不振等症状，主要表现为甲状腺疼痛，可以口服一些解热止痛药物，比如阿斯匹灵。
2.重度甲状腺炎：高热、出汗、咽痛、吞咽困难、全身不舒服、甲状腺局部肿胀、疼痛、局部肌肤发红、发热等。
亚急性甲状腺炎的病人一般都会服用一些非甾体抗炎的药物，如果病情比较严重，可以通过口服糖皮质激素来进行抗炎治疗。亚急性甲状腺炎并不是一种常见的细菌感染，而是一种病毒引起的炎症。亚急性甲亢病人一般都有上呼吸道感染的历史，直到有病史。亚急性甲状腺炎是一种典型的临床表现，病人会感觉到局部的疼痛，晚上或者晚上会有体温上升。一些病人可能会出现高热，或者是长时间的松弛，病人无法承受。还有一些病人会出现辐射疼痛、耳后疼痛、牙齿疼痛等，可以通过甲状腺细胞穿刺血液检查发现多核巨噬细胞。
甲状腺炎患者，当亚急性甲状腺炎发生时，会出现甲状腺质地变韧，硬化并有甲状腺肿大等症状。对于这种情况，可以选择口服一些消炎痛以及甲氨蝶呤等药物来对其进行缓解。这个时候没有任何一种药是靠涂抹来消肿的，但当病人颈部疼痛症状较严重时，进行止疼治疗，常用非甾体抗炎药，而此类药物若无法使病人甲状腺相关病症得到控制时，就必须剔除有关禁忌症，用激素处理，若是病人的病症得到控制，血沉恢复正常，或在没有发烧时，然后再考虑逐步减量。
此外，建议患者按医嘱合理的使用药物。
