胚胎停止发育的原因有很多种，孕早期胚胎停止发育的原因主要有胚胎染色体异常、黄体功能不全、甲状腺功能减退、免疫系统异常等。孕中期胚胎停止发育的原因主要有:子宫解剖结构的异常、免疫系统异常以及血栓前状态等。
胚胎停育的原因有很多，如内分泌失调、免疫因素、子宫异常、染色体异常、生殖道感染、环境因素等。详细检查，如染色体、阴道分泌物、性激素、子宫内膜检查，明确病因后才可对症治疗。
胚胎停育有三种因素1.遗传因素为最主要的因素，与胚胎染色体异常有关。2.父母年龄父母的年龄较大为胎儿停育的主要危险因素之一。3.妇科因素孕妇子宫畸形、盆腔感染、患免疫相关疾病，也是主要的危险因素之一，既往自然流产史、不孕及辅助生殖、孕期药物使用、孕期吸烟，经常饮用含有咖啡因或酒精类饮料、肥胖、甲状腺功能不全等也是危险因素，可导致胎儿停育的发生。
胚胎停育的主要原因，有三个方面：精子质量差。卵子质量差。胚胎质量差，在母体内没有得到良好的生长环境。精子质量不好的原因，主要有精子畸形率较高，不成熟精子的比率较高，精子DNA碎片指数较高。卵子的质量较差，形成胚胎以后在母体内，由于母体情绪抑郁，烦躁，抽烟，喝酒。
造成胚胎停育的原因是很复杂的，大多数时候只是因为胚胎自身质量问题，是染色体突变的问题。发生几率本身在人群就占15%左右，所以一次的胚胎停育一般不找原因，下次怀孕之前可以先做孕前检查，比如甲状腺激素优生项目，血糖，血脂，血尿常规，支原体，衣原体等。
如果胚胎停止发育两次，常跟以下因素有关系：夫妻双方染色体可能有异常，夫妻二人都做染色体的检查。跟胚胎的基因发育异常有关系，比如胚胎基因缺失，会使胚胎停止发育的。因为孕妇本身患有某种严重的内科病，比如严重的肝、肾功能损害；凝血功能障碍。