对于般耐受性较好的人来讲，本药的副作用通常不高，最常见的是消化系统症状，包括胃胀食欲不振，消化不良，偶有恶心呕吐，轻微的腹痛，腹泻等症状。在皮肤方面会发生荨麻疹。对于个别人来讲会有味觉的紊乱，严重时味觉可以丧失，但停药数周后味觉可以恢复。
药物因为是外敷的，副作用还是比较少的，也有些会有不良的反应，比如会出现轻度的烧伤感，有时瘙痒。有些病人有过敏，有些或者是刺激性的感觉不舒服，还有会出现局部的干燥。
盐酸特比萘芬乳膏在皮肤科的应用，主要是用来治疗真菌性感染性皮肤病，比如体癣、股癣、花斑癣以及手癣、足癣，还有比较深层的如甲癣。这一类皮肤病多是由于皮肤感染真菌引起的，真菌喜欢定植在比较温暖、潮湿的皮肤环境中。
对皮肤真菌有杀菌作用，对白色念珠菌则起抑菌作用。可以治疗皮肤浅表处真菌引起的感染，真菌引起的手癣，足癣，体癣、甲癣以及花斑癣。治疗毛癣菌、犬小孢子菌和絮状表皮癣菌引起的皮肤、头发、和甲的感染。
盐酸特比萘芬片的副作用最常见的有胃肠道症状或皮疹、荨麻疹等，若发生进行性皮疹，则应停药。罕见味觉改变及肝功能不全。极个别患者发生尿中红细胞增多或中性白细胞减少。
